2013-cü ilin noyabrından fəaliyyət göstərən Hind-Avropa dilləri şöbəsi 2001-ci ildə təşkil edilmiş german-roman dilləri şöbəsinin əsasında yaradılmışdır.
2001-2013-cü illərdə Azərbaycan dili ilə german-roman dilləri arasında müqayisəli-tipoloji tədqiqatlar aparılmış, qarşıda həmin dillərin Azərbaycan dili ilə müqayisəli fonetika, qrammatika və leksikasını hazırlamaq, roman və german dillərinin qrammatik quruluşunu tədqiq etmək məqsədi qoyulmuşdur.
2001-ci ildən 2005-ci ilədək şöbəyə filologiya üzrə fəlsəfə doktoru Novruzəli Xanəli oğlu Məmmədov, 2005-2013-cü illərdə isə filologiya üzrə fəlsəfə doktoru Əsədova Məhəbbət rəhbərlik etmişdir.
German-roman dilləri şöbəsi yarandığı vaxtdan Azərbaycan dilinin dünya dilləri ilə müqyisəli-tipoloji tədqiqi ilə məşğul olmuşdur. Azərbaycan dilinin ingilis, fransız, alman və ispan dilləri ilə müqayisəli fonetikası, Azərbaycan dilinin ingilis, fransız və ispan dilləri ilə müqayisəli morfologiyası və sintaksisini hazırlamışdır.
Hazırda Azərbayca dilinin ingilis, fransız və italyan dilləri ilə müqayisəli leksikası hazırlanır.
Şöbənin əsas elmi-tədqiqat istiqaməti Hind-Avropa dillərinin fonetika, leksika və qrammatikasının Azərbaycan dili ilə müqayisəli şəkildə tədqiqindən ibarətdir.

Hazırda şöbə müdiri filologiya üzrə elmlər doktoru İlham Tahirovdur.